裁判规则：
发承包双方于签署合法有效的《建设工程施工合同》后，就原合同的基础上签署《补充协议》，另行对工程结算方式、付款方式、洽商变更等进行了具体的细化和补充，合同不存在实质性变更，均是双方真实意思的表示且不违反法律法规的强制性规定的，原合同及补充协议均有效。
【参考案例】
案件名称：遵化市天之润房地产开发有限公司、南通新华建筑集团有限公司建设工程施工合同纠纷
案号：（2019）最高法民终3号
【案情简介】
2008年1月左右，新华公司与天之润公司就遵化市天之润北台城中村改造三期工程签订《建设工程施工合同》。工程内容：商业用房28937.56㎡，住宅74650.65㎡，总建筑面积103588.21㎡。合同约定的承包范围为：施工图纸范围内的所有土建（含建筑、装饰装修）、机电设备安装工程。合同价款暂定79006000元。合同专用条款第六条23合同价款及调整：合同价款采用可调价合同，调整方法：根据图纸、设计变更、洽商按2003年河北省工程预算定额和相关配套文件及唐山市政策性文件执行。材料按唐山市信息价及甲方确认的市场价计取。第47条补充条款约定：1.投标时因施工图纸不齐全，本合同第一部分协议书第五条合同价款为暂定价，最后结算按专用条款23.2（2）调整。2.其他未尽事宜双方协商另行签订补充协议。
2008年1月28日，双方经协商又签订《补充协议》约定，工程地点：遵化市文礼大街以南，文翠路以东。工程规模：总建筑面积143990平方米。承包范围：D组团各楼除甲分包（门窗工程、消防工程、电梯工程、甲方供外墙涂料及外墙腻子）工程外图纸所含所有施工项目，乙方（新华公司）负责弱电系统的管路预埋。承包方式：施工总承包。结算方式：执行2003年《河北省建筑工程预算综合基价》《全国统一建筑装饰装修工程消耗量定额河北省综合基价》《全国统一安装工程预算定额河北省综合基价》及相应的取费标准。具体为：1.材料价格执行施工当期唐山造价信息中的遵化价格；如果造价信息中没有的主材，需提前7日书面上报甲方，经甲方确认后认价。其中钢筋（钢筋每1000吨以上认价一次）、电线电缆（只认价一次），砂石执行认价（每10000立方米认价一次）。土方工程甲方分包按每立方米2.4元计取配合费（放线、清槽、修坡、维护等工作）。2.人工费调整按唐山市建设局【2007】148号通知中线调整。第三条付款方式：承包人应在每月25号前向发包人提交经总监理工程师签章的月进度产值报表，经甲方确认后，作为拨款依据，发包人应当在次月的5号前审结，否则视为认可。1.各楼进度款支付：
(1）地下二层车库、地下一层商业、地上一、二层商业及各楼主体结构均完成至封顶，甲方一次性拨付1.2亿元工程款；其中当第7#、8＃楼封顶后甲方根据工程进度可以拨付二次结构、室内外装饰及水电系统安装阶段的工程款按照甲方审定的月进度产值的80%拨付。
(2）整体竣工验收合格后付至合同价的85%；结算以后付至结算价的95%；以结算价的5%作为本工程的质保金。
(3）质保金的返还：保修期开始半年内，如无质量问题，经发包人确认后十五日内支付2%的质保金；保修期满一年，付至4%的质保金；保修期满后付至5%的质保金（扣除防水分项工程造价的5%，防水保修期满后10日内付清）保修金不计利息……
合同签订后，新华公司入场进行施工。合同履行过程中双方因工程款支付问题发生争议，新华公司停止施工，为尽快复工，根据双方签订的遵化市天之润北台城中村改造三期工程《建设工程施工合同》、补充协议和工程款的支付情况，就三期工程和遵化天之润花园工程（路北工程）的工程款支付问题，双方于2010年10月21日达成《协议书》。协议约定：一、甲方（天之润公司）应付乙方（新华公司）工程进度款数额。1.遵化市天之润北台城中村改造三期工程在2010年9月22日之前已完工作量经甲、乙双方确认为19656万元。根据合同约定，甲方应按乙方完成工作量的80％支付工程进度款，即15725万元，实际支付工程进度款8757万元，甲方应付而未支付给乙方的工程进度款为6968万元。2.遵化市天之润花园工程已竣工验收交付使用，工程结算价双方无争议的部分为10649万元，已支付乙方工程款9101万元，甲方应付而未支付给乙方的工程款为1548万元。上述两项工程甲方应付而未支付给乙方的工程款共计8516万元……
2013年1月13日，天之润公司组织竣工验收，建设单位、施工单位、勘察单位、设计单位等六方进行了验收，案涉工程现已交付使用。
后因对降水、植筋等部分工程量存在争议，对结算价款双方不能协商一致，新华公司提起诉讼，请求天之润公司支付拖欠的工程款及利息。
【裁判理由】
最高人民法院认为：
新华公司与天之润公司签订《建设工程施工合同》进行备案后，又于2008年1月28日签订《补充协议》，在备案合同约定的基础上，对工程结算方式、付款方式、洽商变更等进行了具体的细化和补充，两份合同从合同内容上并不存在实质性变更，均是双方真实意思的表示，且不违反法律法规的强制性规定，合同均为合法有效，双方均应按合同约定全面履行各自的权利义务。2010年10月21日，双方签订《协议书》，系在合同履行过程中因工程款支付问题发生争议，新华公司停工后，为尽快复工，双方在该时间节点就应付工程进度款数额及支付办法、竣工结算及价款支付、违约责任等内容进行了重新约定，该协议亦是双方真实意思的表示，合法有效。
【案件分析】
根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第2条规定，招标人和中标人另行签订的建设工程施工合同约定的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等实质性内容，与中标合同不一致，一方当事人请求按照中标合同确定权利义务的，人民法院应予支持。建设工程施工合同关系中，普遍存在合同履行时间长，施工范围、计价计量及支付方式变动频繁，需要发承包双方另行补充约定，对之前的施工合同进行补充与细化的情况（例如招标图纸不全，以模拟清单招标并签署施工合同，合同为暂定价，之后双方签署补充协议转固）。此情形下，即使双方后续签署的书面协议对中标合同工程范围、计价方式、价格调整方式等实质性内容进行了补充、调整，只要该调整未对中标合同有实质性变更，是双方真是意思表示且不违反强行性法律规定，则该补充约定有效。
【法律依据】
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第二条：
招标人和中标人另行签订的建设工程施工合同约定的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等实质性内容，与中标合同不一致，一方当事人请求按照中标合同确定权利义务的，人民法院应予支持。
招标人和中标人在中标合同之外就明显高于市场价格购买承建房产、无偿建设住房配套设施、让利、向建设单位捐赠财物等另行签订合同，变相降低工程价款，一方当事人以该合同背离中标合同实质性内容为由请求确认无效的，人民法院应予支持。