裁判规则：
发承包双方于签署合法有效的《建设工程施工合同》后，虽然双方另行签署《补充协议》对原中标施工合同的价款、结算方式及违约责任等实质性内容进行了变更，但《补充协议》签署的背景是双方根据施工现状协商一致的结果，并非“通谋虚伪”订立“阴阳合同”损害其他投标人的不正当竞争行为，是双方对于原中标施工合同变更的真实意思的表示且不违反法律、行政法规的强制性规定，故补充协议有效。
【参考案例】
案件名称：四川省第一建筑工程有限公司、昭通市泰斗房地产开发经营有限公司建设工程施工合同纠纷
案号：（2019）最高法民终557号
【案情简介】
2013年1月23日，一建公司与泰斗公司通过招投标方式签订了关于泰平·盛世荷苑10-07#地块一标段地下室及二标段的《建设工程施工合同》。合同主要内容为：泰斗公司将泰平·盛世荷苑10-07#地块一标段地下室及二标段（1—5号楼）工程发包于一建公司；承包范围为泰平·盛世荷苑10-07#地块地下室施工图所明示的工程内容（人防、消防、电梯安装、采暖、绿化、门窗分项工程，电力、通信、煤气等市政配套设施工程除外）、发包方发布的招标文件及图纸会审记录设计变更所明示的工程内容。开工日期以开工令为准，工期为总日历天数660天（一标段、二标段总工期）。金额共计暂定约2亿元整，以实际竣工结算为准。双方按照审查后的施工图、招标文件、《2003云南省建设工程造价计价规则》《2003云南省建筑工程消耗量定额》等文件计算合同价款后总额下浮5.5%。
2015年5月28日，泰斗公司和一建公司签订《泰平盛世荷苑项目补充协议》（以下简称《5月28日补充协议》），载明“工程建设过程中甲方（泰斗公司）工程款支付不到位”，确认泰斗公司欠付一建公司工程进度款约3000万元，泰斗公司承诺在协议生效一个月内付清，同时对工程款结算、支付担保、违约责任等事项作了约定。
2015年7月29日，泰斗公司和一建公司签订《7月29日补充协议》，载明“工程建设过程中甲方（泰斗公司）工程进度款支付不到位、甲供混凝土不能满足现场施工进度需要等情况，工程进展不够顺利”。该补充协议约定：07#地块一、二标段的合同价款按《建设施工合同》约定的计价依据总额不再下浮；一建公司完成施工合同约定的施工任务，不包括泰斗公司单独发包工程而配合的工作内容，即叫完工；工程进度款支付变更为按照月进度报表80%支付，如泰斗公司不能按约支付，应按年18%利率计取所有未支付的工程进度款的利息；工程内容完工前，泰斗公司须支付累计完成工程量的90%，所欠工程款的利息必须支付完毕；工程竣工验收后15日内，泰斗公司须支付累计完成工程量的93%。泰斗公司在收到一建公司报送的齐全有效资料30个工作日内审核完毕，并在审核完毕30个工作日内支付至工程结算总额的97%，预留工程结算总额的3%作为工程保修金。同时约定以前因甲供料不及时等原因，影响一建公司施工进度，导致工程成本增加、窝工等损失，一建公司在该补充协议签订后向泰斗公司报送签证费用、认质认价等相关费用的资料，泰斗公司必须在收到该资料7日内进行确认，超过7日未确认的，视为认可，并进入工程结算。泰斗公司承诺不追究一建公司本工程的工期违约责任。
2016年12月9日，泰平·盛世荷苑07#地块1号楼竣工验收合格。后双方因工程价款问题发生纠纷，起诉至法院。
【裁判理由】
最高人民法院认为：
虽然补充协议中约定的“07#地块一、二标段的合同价款按《建设工程施工合同》约定的计价依据总额不再下浮；工程进度款支付变更为按照月进度报表80%支付，如泰斗公司不能按约支付，应按年18%利率计取所有未支付的工程进度款的利息”等内容对中标备案合同的约定确有变更，但究其背景与缘由，是因泰斗公司工程进度款支付不到位、所提供的混凝土不能满足现场施工进度需要等原因导致工程全面停工，当事人为了尽快复工、减少损失，保障各方权利而根据实际情况协商一致的结果，而不是背离中标合同实质性内容，通过签订“阴阳合同”或者“黑白合同”，作为不正当竞争的手段损害其他竞争者的利益、破坏竞争秩序，或者串通投标，达到损害国家、社会公共利益和他人利益的目的，与《中华人民共和国招标投标法》及司法解释相关规定并不相冲突。《7月29日补充协议》由一建公司与泰斗公司的法定代表人签名并加盖各自单位公章，系当事人真实意思表示，不违反法律、行政法规的强制性规定，应为有效合同。
【案件分析】
1、根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第2条规定，招标人和中标人另行签订的建设工程施工合同约定的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等实质性内容，与中标合同不一致，一方当事人请求按照中标合同确定权利义务的，人民法院应予支持。另《招标投标法》第四十六条规定：“招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。”上述规定的目的在于禁止招投标当事人串通投标、损害其他竞争者利益、破坏竞争秩序的行为，并不限制当事人在合同履行过程中，根据实际情况而协商一致补充、调整原合同条款的权利。
2、建设工程施工合同履行过程中，由于业主方延迟支付进度款、甲供材不到位导致工程停工的情况屡见不鲜，由此导致施工方调整施工组织设计、增加施工成本或者发生停工、窝工损失实属正常。若不考虑项目实际情况，只要是对原中标施工合同实质性内容有变更，均属于违反《招标投标法》及最高院施工合同司法解释规定的行为，被认定无效，则为导致施工方的合法权利无法得到有效救济，实属对相关法律法规及立法精神的误读。
3、合同无效制度设立的重要目的在于防止因为无效合同的履行给国家、社会以及第三人利益带来损失，维护社会的法治秩序和公共道德。《7月29日补充协议》由一建公司与泰斗公司的法定代表人签名并加盖各自单位公章，系当事人真实意思表示，不违反法律、行政法规的强制性规定，应为有效合同。泰斗公司多次在书面文件中明确“保障施工合同与补充协议的有效履行”并于施工过程中从未主张《7月29日补充协议》无效，在一建公司按该补充协议继续履行施工义务、案涉工程现已交付使用的情况下，泰斗公司于诉讼中主张协议无效，有违诚实信用原则，故无法得到法院支持。
【法律依据】
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第二条：
招标人和中标人另行签订的建设工程施工合同约定的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等实质性内容，与中标合同不一致，一方当事人请求按照中标合同确定权利义务的，人民法院应予支持。
招标人和中标人在中标合同之外就明显高于市场价格购买承建房产、无偿建设住房配套设施、让利、向建设单位捐赠财物等另行签订合同，变相降低工程价款，一方当事人以该合同背离中标合同实质性内容为由请求确认无效的，人民法院应予支持。
《招标投标法》第四十六条：
招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。